По теме: вместо Zwoptex Web, который не обновлялся со времен выхода платной версии лучше воспользоватся бесплатной версией TexturePacker (http://www.texturepacker.com/). Получите более плотную упаковку, повороты и отсутствие ограничений на максимальный размер атласа бесплатно
Да, можно воспользоваться TexturePacker, есть несколько очень хороших программ, которые помогают при разработке, но некоторый из них платные и я считаю лучше один раз заплатить и не париться. Например: PhysicsEditor(платная программа для физического движка Box2d), CocosBuilder(бесплатная программа имитирующая Interface Builder, очень удобная), GlyphDesigner(платная и очень удобная программа для костомизации шрифта), ParticleDesigner(платная и не менее удобная программа для костомизации CCParticle).
Создание приложения на framework Cocos2d под iOS