Рекомендую потестить Excel-to-HTML с включённой опцией useDivsToSpan (она по умолчанию выключена). Опция позволяет эмулировать поведение Excel c расширением текста одной ячейки в соседние (если они не заняты). В IE не тестировалось. Без этой опции там стандартный HTML + большой встроенный CSS.
Хорошая, мощная библиотека. Использовал её на прошлом проекте. Правда была проблема с выгрузкой больших объёмов информации (100-200 тыс. строк). Слишком много памяти занимало. Пришлось перейти на ручную генерацию xml с последующим переводом в xls.
Вышла новая версия Apache POI 3.8beta4