Из не упомянутого на сайте в простых случаях пользовался Google Image Charts API, поскольку очень просто встраивается и не нужно думать про кросс-браузерность.
Сейчас у них появилась новая штуковина — Chart Tools. Пока не пользовался, но думаю стоит попробовать.
— простые диаграммы (pie, barcode и т.д.);
— графики (финансовые (валют, свечи), функций);
— графы, взаимосвязи;
Для PHP — лучше всего pChart ( wiki.pchart.net/ ). Использую ее с момента появления — очень рекомендую.
С амчаратми работаем уже около года. В целом довольны, однако, когда возникла потребность навернуть существующий функционал во флексовые карты, появился баг. Долгая перпеписка с саппортом (более месяца) толком ничего не дала. В конце концов решили покупать дев-лицензию в обмен на исправление бага. Хитрые ребята :)
Если для широкого использования, то лучше простых диаграмм и графиков ничего нету. А если для себя, то что удобнее, тем пользуйтесь. Хотя тут все и от типа данных зависит. Сам я использовал pChart.
Библиотеки для визуализации данных в вебе