Хабр Курсы для всех
РЕКЛАМА
Практикум, Хекслет, SkyPro, авторские курсы — собрали всех и попросили скидки. Осталось выбрать!
Хабр доступен 24/7 благодаря поддержке друзей
Комментарии 16
Я правильно понял, что при секвенцировании ДНК, пытаются осадить гистоны? Если да, то зачем и делается это одним ферментом или на каждый тип гистона, нужен свой фермент? Добавляются ли ферменты все сразу или в определённой последовательности?
И ещё вопрос: при транскрипции ДНК в РНК в процессе созревания РНК происходит сплайсинг — вырезание определённых частей РКН. Значить при секвенцировании ДНК эти части ещё не удалены. Мешают ли эти части при определении места нахождения белка? Ведь интроны могут быть между кодирующими участками искомого протеина.
И ещё вопрос: при транскрипции ДНК в РНК в процессе созревания РНК происходит сплайсинг — вырезание определённых частей РКН. Значить при секвенцировании ДНК эти части ещё не удалены. Мешают ли эти части при определении места нахождения белка? Ведь интроны могут быть между кодирующими участками искомого протеина.
Постараюсь ответить на все по порядку. Но мне кажется, что возникла путаница.
Если первый вопрос к тому, что я ошибся, написав хистоны вместо гистонов, то да, ошибся – поправил. Спасибо, за понимание, я эти термины узнал вначале на английском.
Если вопрос, что при секвенирование ДНК пытаются осадить, только гистоны, то нет, не только. Осаждают те участки, которые интересуют. Если интересует участок вокруг всех гистонов, т.е. нуклеосом, то скорее всего ДНК порежут при помощи DNase и отфильтруют по размеру, длина фрагментов интересующего участка примерно 150 оснований.
Наверное, акценты поставлены не правильно, нас интересует не участок ДНК и поэтому мы ищем белок на нем. А нас интересует где закреплен белок и мы находим участок.
Ученых интересуют не просто гистон, а его модификация, пусть будет H3K4Me3, считается, что модификации играют важную роль. Поэтому и ищется антитело к модификации H3K4Me3, но это не означает, что если этот же гистон ещё дополнительно модифицирован, то он не прицепится к антителу. К антителу присоединятся все гистоны с интересующей модификацией – H3KeMe3.
Как точно происходит, химический процесс, что в каком порядке смешивают, я не знаю. Я анализирую данные.
Интересный обзор по теме:
J Cell Biochem. 2009 May 1;107(1):11-8.
Genomic location analysis by ChIP-Seq.
Barski A, Zhao K.
Если первый вопрос к тому, что я ошибся, написав хистоны вместо гистонов, то да, ошибся – поправил. Спасибо, за понимание, я эти термины узнал вначале на английском.
Если вопрос, что при секвенирование ДНК пытаются осадить, только гистоны, то нет, не только. Осаждают те участки, которые интересуют. Если интересует участок вокруг всех гистонов, т.е. нуклеосом, то скорее всего ДНК порежут при помощи DNase и отфильтруют по размеру, длина фрагментов интересующего участка примерно 150 оснований.
Наверное, акценты поставлены не правильно, нас интересует не участок ДНК и поэтому мы ищем белок на нем. А нас интересует где закреплен белок и мы находим участок.
Ученых интересуют не просто гистон, а его модификация, пусть будет H3K4Me3, считается, что модификации играют важную роль. Поэтому и ищется антитело к модификации H3K4Me3, но это не означает, что если этот же гистон ещё дополнительно модифицирован, то он не прицепится к антителу. К антителу присоединятся все гистоны с интересующей модификацией – H3KeMe3.
Как точно происходит, химический процесс, что в каком порядке смешивают, я не знаю. Я анализирую данные.
Интересный обзор по теме:
J Cell Biochem. 2009 May 1;107(1):11-8.
Genomic location analysis by ChIP-Seq.
Barski A, Zhao K.
Еще одна статья, рассказывает о влиянии хистонных модификаций на регуляцию процессов в клетке.
Cell. 2007 May 18;129(4):823-37.
High-resolution profiling of histone methylations in the human genome.
Barski A, Cuddapah S, Cui K, Roh TY, Schones DE, Wang Z, Wei G, Chepelev I, Zhao K.
www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/17512414
Cell. 2007 May 18;129(4):823-37.
High-resolution profiling of histone methylations in the human genome.
Barski A, Cuddapah S, Cui K, Roh TY, Schones DE, Wang Z, Wei G, Chepelev I, Zhao K.
www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/17512414
спасибо за объяснение.
«Если первый вопрос к тому, что я ошибся, написав хистоны вместо гистонов, то да, ошибся – поправил. »
Даже не думал придираться.
«Если первый вопрос к тому, что я ошибся, написав хистоны вместо гистонов, то да, ошибся – поправил. »
Даже не думал придираться.
По поводу второй части вопроса, да выправы, их вымывают при фиксации, т.е. оставляют только хромосомы.
Извиняюсь, уточнил у химиков, я был не прав. Как мне обяснили фиксация, как раз закрепляет белок на ДНК. А что происходит с материалами клетки которые Вы описали, я не очень понял. Толи из-за того, что методы для ДНК и поэтому этот материал всеравно вымоется, просто позже, толи из-за осаждения поскольку выберется только то что надо. Их участие игнорируется.
И перечитав второй вопрос ещё раз, понял, что и напутал. Это не определение какой белок получится в результате, транскрипции. А это определение какой белок, например, учавствует в процессе транскрипции. Или, например, а какой функционал, у этого белка, в каком либо процессе, связанным с ДНК.
А ваш вопрос более похож на РНК секвенирование. Тогда секвенируются участки — результат транскрипции, как Вы и описали, после сплайсинга и… других преобразований.
И перечитав второй вопрос ещё раз, понял, что и напутал. Это не определение какой белок получится в результате, транскрипции. А это определение какой белок, например, учавствует в процессе транскрипции. Или, например, а какой функционал, у этого белка, в каком либо процессе, связанным с ДНК.
А ваш вопрос более похож на РНК секвенирование. Тогда секвенируются участки — результат транскрипции, как Вы и описали, после сплайсинга и… других преобразований.
на одном вздохе, как говорится.
Что за мода — в статье на русском языке давать ссылки на английскую Википедию, когда есть такие же на русской?
Правильно я понимаю, то что вы описываете в этой серии статей — это следующие: Вы ищите где в ДНК, находится ДНК-код белка? Или какая, черт побери, у Вас задача?
Или же вы рассказываете, как получаются секвенированные геномные последовательности, которые например можно видеть в базе NCBI. Так сказать тот этап, когда из нарезанных участков в процессе секвенирования выстраивается ДНК-целиком. Просто неясность над каким процессом Вы работаете и описываете — не дает понять о чем вы вообще.
Я рад что есть человек которому хочется разобраться, и готов поделиться, но сейчас я на отдыхе, и не уверен в адекватности ответа.
Давайте, я попробую, написать ещё одну статью, на предмет, protein of interest, и тогда может станет более видимым, кусок моей работы, ибо в биоинформатике, просто огромное поле для деятельности, от куска ДНК до то как человек чихнул. Я работаю над небольшим куском и надеюсь это тоже интересно, и готов расписать что да как я пнимаю.
То что я описываю, это маленький кусочек от binding proteins до последовательности в секвенаторе, но все очень запутано, надо как-то систематизировать, надеюсь ваши вопросы мне в этом поиогут.
Давайте, я попробую, написать ещё одну статью, на предмет, protein of interest, и тогда может станет более видимым, кусок моей работы, ибо в биоинформатике, просто огромное поле для деятельности, от куска ДНК до то как человек чихнул. Я работаю над небольшим куском и надеюсь это тоже интересно, и готов расписать что да как я пнимаю.
То что я описываю, это маленький кусочек от binding proteins до последовательности в секвенаторе, но все очень запутано, надо как-то систематизировать, надеюсь ваши вопросы мне в этом поиогут.
Зарегистрируйтесь на Хабре, чтобы оставить комментарий
Практическая биоинформатика ч.5. Секвенирование ДНК