GMaven на первом проходе компилит groovy классы в Java-заглушки, для поддержки UTF-8 требует явного указания опции -Dgroovy.source.encoding=UTF-8 (но даже при этом не справляется с русскими символами в Java-аннотациях). GEC обходится без заглушек, работает быстрее и стабильнее. Но это все больше касается мавена, на который мы как раз и ориентируемся, чтобы избежать специфического для IDE поведения.
В качестве ответа про Idea скажу лишь, что в нашей конторе я один сижу на Эклипсе :)
Ну во первых, IDEA не должна при каждом запуске пересобирать проект, она должна перекомпилировать файлы, которые изменились. У нас она почему то несколько файлов все такие перекомпилирует (из огромного проекта), проверяет директории ресурсов и т.д. — но всё это занимает несколько секунд.
Другое дело, что на компиляцию мавена она не надеется и в ПЕРВЫЙ запуск она и правда перекомпилирует всё.
Во вторых в меню запуска программы (там, где задаёте комманд лайн параметры) можно сказать вообще ничего не строить перед запуском
Интеграция Groovy в JEE приложение