Они читаются, если достаточно информации для восстановления в самой QR-ке и картинка (являющаяся шумом и повреждениями) в центре занимает не более 10-15% от общей площади кода. Еще хорошей практикой является отбивка картинки каемкой цветом фона достаточной ширины.
Генерируем цветной QR-код с логотипом на Java