Это еще один возможный вариант отладки, но он занимает больше времени для отладки описанных в посте проблем.
Я предлагаю способ отладки основанный на понимании того, что именно идет не так. Это явно быстрее, чем каждый раз проходить всю инициализацию Magento по шагам в поисках проблемы.
Не обязательно проходить реально по каждой строчке кода, достаточно поставить «точки остановки» в нужных местах (например та где Вы var_dump добавляли)
Отладка непонятных ошибок в Magento