Хорошо бы руководство как при помощи этих инструментов получить рабочий проэкт для эклипс или другой IDE. По идее ведь можно декомпилировать весь код а ресурсы готовы сразу. Попробуете такое провернуть? Был бы очень признателен.
Еще одна ссылка по теме — мой древний пост. Там например есть некоторое описание структуры smali-кода. Что-то возможно устарело, но наврняка есть полезные вещи.
Модификация Android приложения от новичка и для новичков