Нет, не ограничение библиотеки.
Просто система уменьшения начинается с создания в программе картинки с нужными в итоге размерами. Для нее выбирается цвет тремя параметрами (RGB). Прозрачный вариант тут не придумать.
Как я понимаю, смысл решения довольно прост. После вышеупомянутого создания отключается альфа-блендинг и весь холст заливается прозрачным цветом, заменяющим изначальный черный. Затем альфа-блендинг включается обратно. Ещё надо не забыть savealpha. И всё, прощай чёрный фон.
Прозрачный PNG в аватарах на Хабре обретает фон