Задав вопрос на форуме битрикса ответ не получил, зато нашел еще несколько человек с такой же проблемой.
А в техподдержку почему не обратились? На форуме множество подобных вопросов остаются без ответа. Не понятно зачем туда писать вопросы по базовой настройке, когда есть официальная поддержка на русском языке?
С поддержкой как-то не сложилось, поэтому и обратился на форум, где столкнулся с такими же пользователями, как и я, которые не смогли подружить КП с AD. И как видно из этого, документация не совсем точна и понятна (скорее всего устарела).
How-to: Прозрачная NTLM авторизация на корпоративном портале