При этом значительная часть миграций выполняется автоматически.
Явное описание необходимо только для «небезопасных» (те при которых могут удаляться данные) миграций.
Совершенно верно, в случае использования EF Code First есть возможность использования стандартного механизма создания миграций, чем я с радостью пользуюсь в одном из проектов, но к сожалению даже в рамках использования EF, есть куча проектов которые используют подход Model First без возможности переписывания модели БД на Code First. Именно для таких проектов и существуют различного рода системы миграции.
Похоже, вы не совсем внимательно прочитали. Фактически я написал GUI для FluentMigrator-a с рядом полезных фич вроде выполнения скриптов из папки.
Насчет EF CodeFirst Migrations см. мой коммент выше.
Миграция версий БД MSSQL