В iPod'ах используется обычный FAT. База треков и прочей требухи лежит отдельно. Треки кладутся в каталоги и переименовываются, но не более. Так что изменения обычно касаются формата базы и того как кладутся треки.
я перепробовал все эти программы, но ни одна из них не поддерживает обложки треков, а это моя любимая фича в iPod. Да и вообще, любую доп.информацию они не поддерживают.
Но самый удобный, на мой взгляд, - amaroK
работа с ipod в linux