trac? Комментарии к задаче можно писать прямо в её постановке, можно отдельным комментарием. Везде используется вики-синтаксис. Очень удобна перевязка с svn, есть source-браузер, хорошо раскрашиваются diff-ы и прочее.
Понятно, что удобной работы с комментариями (как я описал) наверное, сейчас нет нигде. А так: победили ли они детскую болезнь уведомлений об обновлениях, сделанных самим собой и о том, о чем не надо (что есть в Basecamp)?
Wiki-форматирование - нереальное зло для не-гика, только продвинутые пользователи могут с помощью Trac'a ставить задания (мой опыт).
Последнее время пользуюсь Assembla. Wiki, SVN, Tickets, Комментарии, оповещение, бесплаьно 500 мб, бесконечное количество спейсов для проетов и т.д. Минус по сравнение с basecamp только один - чуть чуть менее удобный в визуальном представлении милестоуны.
Реально работающая система управления разработкой