Вашим модулям осталось совсем чуть-чуть до нодовских. Если переименовать папку modules/ → node_modules/
то вместо:
require('../modules/list');
можно будет делать
require('list');
Вообще, суть browserify это по максимуму использовать инфраструктуру самой ноды: наработанные пакеты (если переносимы на клиент) и организацию кода. Можно оформлять части своей прилаги в node_modules, как отдельные пакеты.
Кроссплатформенный CommonJS на практике