Вместо softflowd можно использовать ipt-netflow. Производительность, по сравнению с использованием libpcap — на несколько порядков выше. github.com/aabc/ipt-netflow/
Выше написано, что можно использовать любой сенсор, привязано только коллектору. Softflowd в debian просто есть из коробки и он экстремально прост в настройке, поэтому его и рекомендую. На моем железе для маршрутизатора (core i5 hasswell) меня устраивает протзводительность libcap-based сенсоров; на более слабом имеет смысл прикручивать ipt-netflow.
Считаем сетевой трафик с помощью netflow и lightsquid