Linphone практически не может правильно работать с PulseAudio. Лучше используйте Alsa в Linphone, которую перенаправляйте в PulseAudio через плагин. Или попробуйте мой патч, но вряд ли поможет.
Так у меня всё через альсу на пульс заворачивалось. Кроме фонона, видимо. Что интересно, sox играет как через альсу, так и через пульс (при включённом пульсе). А вот астериск и линфон не хотят.
Микширование звука в Cubian