Мне также по душе пришлись интерактивные тьюториалы Dataquest.
Там помимо чистых введений в R и Python есть материалы по визуализации, хранению данных, по алгоритмам и структурам данных, по машинному обучению и Kaggle, а также по анализу больших данных с Apache Spark (к которому обертка есть и на R).
swirl: стремительное погружение в R (learning by doing)