Альтернатива: в режиме редактирования выделить все (A) и переместить так, чтобы центр попал, куда надо.
2. Не пропорциональные результаты скруглений и модификаторов
Основная альтернатива: не изменять размеры объектов никак иначе, чем в режиме редактирования. Кстати, если вы будете делать модели для геймдева — учтите, это основное требование. Масштабировать меши в объектном режиме вообще нельзя, любые изменения габаритов производить строго только в режиме редактирования.
3. Сброс координат положения, вращения, размера
Прежде чем создавать объект, нужно поставить курсор в нужное место. Это вам не тридемакс.
Версия 2.76 последняя. Constraint «Stretch to» растягивает объект до другого. Нет настройки оси слежения.
Но в целом Вы правы. Сейчас настройка осей есть, можно сказать, везде. Наверное у меня это осталось в памяти с предыдущих версий. Сейчас в большинстве настроек ось Y назначается по умолчанию.
Приёмы работы в Blender. Часть 1