В качестве основного преимущества SIP можно назвать поддержку Quality of Service (QoS). Эта технология предоставляет преимущество телефонному трафику перед всеми остальными. Даже если Ваша полоса занята скачиванием (вареза/обновлений/вирусов), то это не отразится на качестве связи.
Не совсем в платных. SIP это всего лишь протокол, по которому софтфон (для примера) общается с сервером IP телефонии. Есть замечательное, бесплатное решение IP-PBX Asterisk, в котором аналогичная схема с конференциями реализуется на ура.
SIP намного впереди Skype. Просто увидеть это могут далеко не все - деньги платить надо. Я вот еще даже половину опций у него не изучил, но скайп уже почти не включаю, только если кто-то связаться со мной желает.
Skype рано еще убивать!