Комментарии 16
Это вводная статья к более глубокому материалу или просто своего рода обзор? А то про сами методы то Вы не много рассказали.
0
Это научно-популярный обзор для понимания того, а что это вообще такое. Предполагался минимум технических подробностей и максимально доступное изложение.
Но, в общем, если будет запрос, то я рад написать и более глубокие статьи. Ибо никаких русскоязычных (да и в английском интернете не густо) хороших материалов я про это не нашел, а статьи на хабре не раз помогали мне освоить алгоритмы.
Но, в общем, если будет запрос, то я рад написать и более глубокие статьи. Ибо никаких русскоязычных (да и в английском интернете не густо) хороших материалов я про это не нашел, а статьи на хабре не раз помогали мне освоить алгоритмы.
+3
Я просто занимаюсь по свой аспирантской работе проблемой геномных перестановок, эволюционных расстояний и т.д. Мы деревья используем, если дают, но не сильно на них полагаемся, так как нам важна только топология. А топология дерева может быть прикинута, например, путем анализа BreakpointGraph-а и схожих методов..
+2
Так длинной ветвей, часто, и не интересуется никто из-за разных скоростей эволюции в разных линиях. Про эти графы я не слышал, но, как-то раз я у докинза прочитал, что в будущем можно будет реконструировать вымершие геномы, и меня это поразило. Правда, сам щанимаюсь не этим, а они, как я понял при беглом просмотре, именно этим и хороши. Завтра в метро, походу, не блоги любимые и ленту фейсбука читать буду.
+1
Поясните, пожалуйста, что значит «80 мутаций на поколение» у человека?
0
Если прочитать ДНК родителей и ДНК ребенка, то окажется, что у ребенка будет порядка 80 изменений в генетичесом коде по отношению к родителям.
+2
Выглядит достаточно пугающе, я думал что мутации происходят реже
-1
Гены занимают около 1 процента всего генома, в самих генах многие мутации вообще никак не влияют ни на что. Из тех, что влияют, многие влияют слабо, а, в случае чего, у человека как минимум по две копии каждого гена. Кроме того, специально для таких случаев в генетической программе развития с помощью регуляторных систем обратной связи многие вредные муитации не проявляются, а, вообще, мутации могут быть и полезными. Можно спать спокойно.
+1
Практической филогенетикой не занимаюсь, но из литературы мне казалось, что и обычные математические методы кластеризации (Neighbour Joining и UPGMA) дают приемлемые результаты по крайней мере в пределах малых таксонов, где различия в скорости эволюции ветвей пренебрежимо малы. У них действительно есть существенные недостатки перед описанными в статье (если я правильно понимаю) методами наибольшего правдоподобия и максимальной экономии, или они просто не упомянуты из-за краткости статьи?
0
В статье я хотел дать общее представление, не углубляясь в детали и не нагромождая разные методы, а maximal parsimony хоть и не является самым лучшим методом, зато его легко понять. С методами постройки деревьев, вообще, есть некоторая неопределенность, потому что разные тесты выводят вперед разные методы, хотя, у специалистов по филогенетике есть общее понятие, какие методы лучше, а какие хуже. Если говорить об упомянутых вами методах, то UPGMA это очень плохой метод, и его используют, только когда быстро нужно сделать первичный набросок. А NJ в филогенетике используют довольно много, но, обо всем рассказать в этой статье я не мог, да, и задачи такой не было.
0
На этой занятной карте среднего размера мозга человека его место происхождения видно более отчётливей:
+3
Вопрос о месте происхождения, как я понимаю, разрешен еще в 19 веке. Ибо, в эфиопии находят ископаемые еще с 19 века. Еще дарвин писал, что, человек, вероятно, появился в африке, и не только потому, что там живут ближайшие его предки. Дело в том, что, везде на земле были свидетельства того, что недавно там жило много крупных животных, а теперь их там нет. В африке же до сих пор их достаточно много, что указывает на то, что на ней они лучше всего приспособились к человеку, а, значит, эволюционировали вместе с ним.
Но, в любом случае, это довольно занятная карта. Хотя, только глядя на нее, нельзя исключать, что в центральной африке есть народ, мозг которого резко уменьшился вторично.
Но, в любом случае, это довольно занятная карта. Хотя, только глядя на нее, нельзя исключать, что в центральной африке есть народ, мозг которого резко уменьшился вторично.
+2
Сейчас пишу диплом, целью которого является разделение большого выравнивания на небольшие кластеры, которые более пригодны для анализа, чем полное выравнивание. Выложу код в открытый доступ после защиты. Если интересно, можем поговорить на эту тему.
0
Просто интересно, вы биолог или математик?
0
Зарегистрируйтесь на Хабре, чтобы оставить комментарий
Как реконструируют ход эволюции?