Ну линукс сканировать особо как мне кажется и не надо — если все ненужные порты закрыты и вовремя обновляете сервисы, то опасность заражения руткитами и тп стремится к нулю, а всё остальное руками вычищается в 5 минут (да и то ни разу не видел вживую userspace-заразу под линукс)
Dr.Web LiveCD очередное решение для борьбы с вирусами