Просто написать UnitTest, который делает
Mapper.Configuration.AssertConfigurationIsValid();
Заодно проверяется ситуация, когда у источника и получателя свойство называлось одинаково и маппинг был не нужен, а потом одно из свойств зарефакторили, но маппинг не построили.
Адаптируем AutoMapper под себя