Да, именно для этого.
ENV переменные используются в профилях, соответственно и в WEB-приложении они тоже нужны. Самый простой пример их использования: переменная DATA содержит путь до директории, куда сохраняются загруженные файлы, относительно директории с профилем.
Клиентские и CGI программы на PHP с едиными переменными окружения в bash_profile