У нас используется Bacula для сетевых бекапов. Для вас тут может быть плюс в том, что она умеет разностные бекапы — файлы, которые с предыдущего бекапа не изменились, она заново бекапить не станет.
Да прекрасно подошел бы тот же rsync — несжимаемое отдельно, сжимаемое в архивы (базу и исходники — ужимается _очень_ сильно — дамп базы с 2.6 GB ужимается до 230 MB), только вот решений со стороны Windows я не нашел, а отдельной Linux машины нет. Бекапы держаться на windows машине и внешнем диске.
Как делать бекапы разнородного контента?