Как стать автором
Обновить

Молекулярная биология. Houdini. NVIDIA 3080. Коронавирус vs иммуноглобулины

Время на прочтение12 мин
Количество просмотров6.7K
Всего голосов 35: ↑35 и ↓0+35
Комментарии21

Комментарии 21

Спасибо за подробное описание. Детализация впечатляет. Планируете ли использовать выигранный Octane или RedShift «наше всё»?
Спасибо! Каждый шарик — атом. Останусь на RedShift. Планирую посмотреть Arnold. Уже после завершения проекта я получил об этом рендере очень положительный отзыв от ребят, чьё мнение для меня важно. Он CPU+GPU(как и Vray).

Я сам Гудини немного осваиваю, очень помогли уроки на ютуб-канале Houdini по-русски. У ребят еще организован чат в телеге, так вот, очень рекомендую присоединиться, думаю некоторые упомянутые в статье проблемы получилось бы обсудить и решить оперативно.

Да, вы правы. Я смотрел на этом канале уроки, но не знал, что есть чат. В дальнейшем этот ресурс здорово сможет помочь. Спасибо!
www.youtube.com/channel/UCmVIflStOlsw1Uz83V5Wdcg
Отличная и детальная работа, было интересно ознакомиться с процессом, спасибо. Сколько по времени уже изучаете Houdini? Для каких еще задач его используете?
Спасибо! 2-3 года. С курсами у Игоря Харитонова, Стаса Пологрудова и Димы Новосельцева. Использую только для задач молекулярной биологии.

Одно не понятно, почему не супер быстрый GPU VRAY?

Спасибо за интересную статью! Как раз перевожу цикл статей про одну научную группу, что занимается расчетами молекулярной динамики и попутно находил много интересных материалов: фильм, подборка на ютубе и образовательный проект (платный), но видео там прям-таки завораживают


Спасибо! Да, очень крутые ребята!

Не совсем понятно — то что показано в ролике является физически корректной моделью вируса (с моделированием расстояний между молекулами и тд)? Или это "сделано дизайнерами" ну чтобы было более менее похоже?

Отличный вопрос!
1. Внешняя часть настоящего вируса состоит из: шипы, мембрана, глюкоза, E,S,M белки.
В нашей модели физически корректные атомарные модели шипов, глюкозы, E-протеина и липида из которого сделана мембрана вируса.
2. M и S протеины — наша интерпретация.
3. У нас нет точной информации по количеству шипов и белков на единицу вируса. Мы сделали их исходя из средней насмотренности работ коллег. Размер вируса выбран из диапазона его реальных размеров.
4. Наша модель точнее модели корнавируса представленного в википедии.
5. Мы хотели нарисовать коронавирус точнее, чем он представлен в википедии и в среднем в интернете. У нас получилось. Можно ли нарисовать точнее? Да. И я косвенно об этом написал в статье. Раздел фрактальность. Если подключить мощь молекулярной динамики, то можно будет смоделировать мембрану, взаимодействие шипов и антител. Плюс есть огромное количество учёных, которые понимают тонкости и нюансы работы конкретно коронавируса. Их участие позволит повысить точность проекта. Но это будет совсем другой проект.

Какая же красивая статья, просто приятно листать и смотреть красивые картинки :-) Вообще Houdini кажется это как Haskell в мире компьютерной графики — на слуху всё больше АфтерЭффектс и Блендер. Но каждая демка на Houdini как произведение искусства..

Спасибо! Мне очень приятен ваш отзыв. Ваша поддержка очеть стимулирует заниматься подобными штуками.

С Haskell не знаком. Но, кажется, я понимаю, о чём вы говорите. В Houdini есть C образный язык — VEX, еще можно на скриптах и Python. Мне близок VEX, т.к. я очень люблю С. На сегодня Houdini — да, топ из всего придуманного для 3д графики. Во многом благодаря архитектуре — ноды.

Студийная версия ресолва использует гпу, а фришная нет. Стоимость там не космическая — ни разу не пожалел, что купил.

О! Я не знал. Это ценное замечание. Спасибо!
«Elon Mask — did not participate» — отлично!
Рад, что вам понравилось! Не многие дошли до титров и еще меньше тех, кто оценили!
У меня одна видеокарта. Если их будет больше, то скорость рендера падает линейно.

Скорее время рендера. Опечятку надо бы поправить
Вы правы. Поправил. Спасибо!
В общей сложности я пытался решить эту задачку один месяц. В итоге я прекратил все попытки и отказался от сфер. Возможно, пост на форуме рендера помог бы, но я ограничился помощью русскоязычного сообщества — до кого мог дотянуться.

Никогда не стоит ограничиваться русскоязычным сообществом потому что оно гораздо меньше мирового. Даже если у вас проблема с английским, то использовать тот же Google translate встроенный в Chrome гораздо лучше, чем ограничивать себе возможности.
Пытаться решить задачу месяц для меня звучит, как крайне долго.

Частично с вами согласен. Вы смотрите ретроспективно, и этот взгляд позволяет видеть свежие пути решения, так и ошибки. Я, находясь в начале пути видел очень не сложную задачу, для решения которой мне было достаточно своих скилов. У меня не было возможности увидеть эту задачу и сказать себе:
— Так, тут нужно подключать мировое сообщество иначе я буду решать эту задачу месяц.
Нет. Задача виделась не сложной. По мере роста числа не работающий моделей я видел, что задача не простая.

Про англоязычное сообщество — согласен полностью. Отчасти об этогом говорит и язык, выбранный для озвучки.
Зарегистрируйтесь на Хабре, чтобы оставить комментарий

Публикации