Комментарии 20
Виталий Владимирович, я правильно узнал?)
Почти правильно (Владимир Витальевич).
Виталий Владимирович, я правильно узнал?)
Простите что вмешиваюсь в вашу содержательную беседу.... А кто такой Виталий Владимирович (или Владимир Витальевич ) и как мне про него так же узнать?
/это конечно шутка
я так понимаю ВВ @genseq в теме, а мне сие сейчас это жутко актуально, т.к. колобок умудрился, в своё время, уйти от бабушки и от дедушки но вот лиса омикрон (вероятно) достала колобка.
Итак вопросы дилетанта:
1.Используются ли при ПЦР тесте само секвенирование геномов вируса SARS-CoV-2, В частности: SARS-CoV-2, РНК [реал-тайм ПЦР] позволяет ли определить конкретный штамм вируса, поразившего человека
2.Может ли быть такое, что рядовая областная поликлинника по результатам ПЦР теста определяет тип штамма, а распиаренная всероссийская лаборатория-нет.
Есоли же всё так сложно и запутано на основании чего
3. Распространнённый и дешёвый тест от Xiamen BOSON (Biotech Co.Ltd) / 361021, China , чем-то отличается от используемого в SARS-CoV-2, РНК [реал-тайм ПЦР] ?
На мой, подслеповатый взляд, всё (кроме тест "кюветы") вообще всё одинаково.
4.Как относитесь к этой новости?
Голикова
На сегодняшний день в структуре заболеваемости на территории нашей страны 60% приходится на штамм "дельта" и 40% уже на "омикрон" и некоторые другие не доминирующие варианты, сказала Голикова. В 42 субъектах РФ зафиксировано 1682 случая заражения штаммом "омикрон".
/ мне стыдно, что использую мнение дамы, с квалификация «Экономист» по такому вопросу, но "других ведь нет"
Ссылка "Российская газета"
Голикова знает точно в штуках.
Получается по ОМС , в лабораториях "простеньких" секвенируют штамы. Без всяких нанопоровых секвенаторов?
Или я совсем далёк от темы.
Финские инженеры создали тестер на коронавирусню инфекцию, который даёт результат в течение 1 минуты. Прибор работает по принципу алкометра, он позволяет измерить уровень химических соединений,
проникающих в дыхательные пути человека в результате заражения «ковидом»
ссылка Финляндия
Спасибо.
а не Шарков случайно? (биологический мир не очень широкий, и у меня в лицее директор был Шарков Владимир Витальевич, биолог, членкор РАН)
Хорошая – это то, что всё-таки защищает, но преимущественно от развития тяжёлых форм пневмонии. И существенно снижает летальность.
Это чисто теоретическое заявление или можно где-то удостовериться, чтобы понимать на чём основано?
Спрашиваю потому, что в России, к примеру, если сравнить декабрь 2020 года и декабрь 2021 года различие не в пользу 21го по летальности:
В 2020 году (1% вакцинированных) - смертность 1.97% от заражённых;
В 2021 году (51% вакцинированных) - смертность 3.85% от заражённых.
При этом уровень заражённости в этих месяцах примерно одного уровня: 2020г. - 851k, 2021г. - 852k.
В статистике не учтена вакцинированность умерших. Вы сравниваете смертность от разных штаммов, и если убрать случаи вакцинированных, разница будет намного больше.
В 2020 году (1% вакцинированных) - смертность 1.97% от заражённых;
В 2021 году (51% вакцинированных) - смертность 3.85% от заражённых.
а Вы в курсе, как у нас смертность от SARS-CoV-2 в 2020 фиксировали?
в 2020 были некие события,которые требовали совсем другой картины мира, чем сейчас.
Рост показателей общей смертности в РФ с января по декабрь 2020 года составил 17,9% по сравнению с 2019 годом, следует из отчета Минздрава РФ об итогах работы министерства в 2020 году и задачах на 2021 год.
число умерших, увеличилось на 323,8 тыс. человек
мне кажется надо хотя-бы на этой цифре и базироваться, что бы % вычислить для 2020.
а колличество заражённых,как в стране (ну и в мире вообще тоже) определялось?
Следует учитывать большое количество купивших сертификат вакцинации. Следовательно статистика 51% - такое себе
уфф, хорошая статья , но простите , читать невозможно . Вы не объясните , что такое
иммунопротективные эпитопы ?
последовательности которые выбрал кто? Мы врядли на сегодняшний день можем отследить полностью какими местами различные сегменты имунной системы взаимодействуют с вирусом ?
Сравнительно невысокая вариабельность RBD может объясняться повышенной консервативностью аминокислот,
наверное опечатка , - консервативной последовательностью.
Но на графике видно, что наиболее вариабельные (иммунопротективные) эпитопы S-белка сконцентрированы в его N-терминальном домене (NTD – 13-303)
и что ж тут удивительного - более консервативный участок всегда более надежен в использовании. К тому же при определении участка нельзя полностью опираться только на последовательность , есть еще например пластичность поверхности...
«Штормовой» прогноз вытекает не столько из необычайно высокого количества мутаций (37) в несущем иммунопротективные эпитопы S-белке варианта Омикрон, сколько из наличия замены изолейцина на валин (I42V) в экзонуклеазном домене белка NSP14, отвечающем за корректировку ошибок коронавирусной РНК-полимерзы.
подобные мутации в белке экзонуклеазы наблюдались еще в далеком первом варианте https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/20463816/
есть наблюдения об усилении антропонотной активности b.1.1.529 и по возвращению "оттуда" оно может значительно обогатиться вариантами.
Спасибо за отечественный секвенатор, не знал.
И соглашусь про ONT , был искренне удивлен , роясь очередной раз в ncbi , когда в референсах к геномам увидел что огромное их количество сделано на мини-айоне или старших их моделях..
В 2020 году в России не было ни Альфы, ни Дельты. А 51% вакцинированых в России - это только в самом конце 2021 года. В октябре было всего 32%. Поэтому оценивать влияние вакцинации на смертность от COVID-19 лучше по данным из других стран:
Т.е. рост числа вакцинированных в полтора раза за месяц-два вас не смущает? 25 миллионов уколотых за один только ноябрь это реалистично? Может таки данные ВВС не очень свежие, например, или тут просто обычный дефолтный "рейтинг чего угодно в Европе"?
Вообще-то смущает. Цифра у BBC (32%) для 21 октября выглядит заниженной. Хорошо бы сравнить её с официальной статистикой, но я эти данные пока не нашёл.
Хм, был неправ, переборщил с сарказмом. По официальным данным на 21.10 тоже 32,4% (хотя бы одна доза - 35.6%)
> «Штормовой» прогноз вытекает не столько из необычайно высокого количества мутаций (37) в несущем иммунопротективные эпитопы S-белке варианта Омикрон, сколько из наличия замены изолейцина на валин (I42V) в экзонуклеазном домене белка NSP14, отвечающем за корректировку ошибок коронавирусной РНК-полимерзы.
это не совсем понятно, в том смысле что не отвечает на вопрос какие именно объективные условия способствуют появлению и закреплению опасных мутаций - например где именно они происходят, в людях или животных, как влияет наличие большой группы людей с заведомо ослабленной имунной системой, например больных HIV, или онкобольных среди не вакцинированных, и т.д., буду признателен за дополнительную информацию относящуюся с причинам вашего "штормового предупреждения"
ps
приятно видеть статьи такого уровня на habr
Короче говоря, ковидла это всерьёз и на долго, а точнее на всегда :)
Я правильно понимаю, что согласно этой статье, количество вариантов будет расти возможно даже в геометрической последовательности и в какой-то момент все будут заражаться различными вариантами почти одновременно и последовательно. Поправьте если это не верный вывод.
Что будет с имунной системой сражающейся одновременно с сотнями вариантов в худшем случае?
Маразм крепчает!
Для множественных разновидностей ковида есть универсальные наборы реагентов, что помогает в диагностике ускользающих штаммов.
https://biolabmix.ru/catalog/COVID-19/
Побочный отрицательный эффект пандемии определенной группы вирусов заключается в том, что страдают другие области медицины. У человека могут быть больные почки, а симптомы орви некритичные, ему всё равно без разбора назначат под копирку массу фармпрепаратов, и в итоге орви прошло само, а пациенту теперь нужен диализ.
Немного о мутациях SARS-CoV-2