Я во всех рекомендациях по созданию дистрибутива Live USB встречал рекомендации по форматированию именно в FAT16. Возможно дело в биосе конкретной машины?
Там разжеваны все методы создания Live USB, и подчеркивается: «SYSLINUX is a boot loader that operates off an MS-DOS/Windows FAT filesystem. Most USB flash drives come with a FAT filesystem.»
Live USB