Согласен, если проект использует функционал Win7, то вопрос версии .NET по-моему не должен так волновать… Вторую версию не встретишь на Windows 7. Если же перед Вами стоит задача чтобы программа запускалась и на Win7 и на WinXP, и при этом сама программа была бы на .NET версии 2.0, чтобы, например, расширить количество компьютеров, на которых она может запуститься, то пусть цепляет свои расширения отдельно, только в случае запуска на Win7.
У нас была софтина, которую в основном покупали налоговые и банки. Первая версия была на .net2.0. Вторую пишем на .net 3.5, хотя у всех ХР. Проблему планируем решать чисто с организационной точки зрения. В принципе, если программа нужная то народ без вопросов ставит 3.5
Windows API Code Pack для .NET Framework