Spring предоставляет удобные оболочки над технологиями Jpa, JDO, Hibernate, iBatis и jdbc. Эти оболочки позволяют и удобнее, единообразно, разботать с различными orm/dao ресурсами, а также управлять доступом к ним в spring-way транзакциях.
В статье речь шла о выборе сервисного слоя, а не orm технологий. Ничего не мешает использовать JPA как в связке со спрингом, так и EJB. В принципе сейчас JPS 2.0 по функционалу догнал Hibernate, так что выбор определяется конкреной задачей.
А выше было объяснение: если берем связку javaee компонентов и спринга, то для серьезных проектов необходимо покупать поддержку как вендора jvaee так и спрингсорс. Но, т.к. javaee приблизился по функционалу к своим «свободным» конкурентам, то делать это в общем то бессмысленно и невыгодно.
Будущее построения архитектуры Java EE приложений становится яснее