На мой взгляд причин, почему могут платить действительно большую зарплату, две — ответственность и квалификация. Несколько абстрактно звучит, поэтому поясню.
Ответственность
Если работа какой-либо системы является критической для бизнеса, то человек, отвечающий за бесперебойную работу этой системы, берущий на себя ответственность за ее работу должен получать больше. При этом вполне возможно, что в случае какого-либо сбоя (даже в 3 часа ночи) — необязательно, но возможно, — ему придется сорваться и поехать разбираться с проблемой. Зато начальство точно знает — у них есть гарантия, человек, который за это отвечает. И, как видите, совсем не нужно для этого больше делать.
Квалификация
Думаю, что и все мы понимаем, что не одна сотня проектов была загублена безрукостью работающих там людей — где то не там что-то соединено, а как правильно никто не знает, криво сверстано и все разъезжается в эксплорере, код не объектно-ориентированный и вносить туда изменения адски сложно. И должен быть человек, который делает это аккуратно, правильно, масштабируемо. Иначе, в конечном итоге, ничего не будет работать. Например, во многих компаниях есть сотрудники, которые занимаются оптимизацией работы и повышением производительности системы. Давать ему какие-то сроки глупо — «Через 2 недели ты должен повысить производительность в полтора раза, а иначе мы тебя уволим!». Скорее всего такие люди получают премии в случае особо серьезных достижений, а в остальном им дают спокойно работать. Ну и, вполне возможно, они делятся своей квалификацией с другими сотрудниками — например, помогают писать сразу более оптимизированный под нагрузку код. И как видно, и здесь делать больше тоже не нужно.
Но зачастую такое разделение несколько надумано — часто эти две причины идут рука об руку. Наибольшие деньги платят тому, кто говорит «Я знаю как надо». Знаю, как сделать так, чтобы посещаемость проекта выросла в 10 раз. Знаю как повысить прибыль. Знаю как отхватить большой кусок рынка. Таким людям выдается достаточное количество ресурсов — деньги, рабочие руки, потому что руководители знают, что все это окупится с лихвой. Что большие затраты на такого сотрудника приведут к еще большим прибылям. И именно такие люди в бизнес среде, в любой области, на вес золота.

