Isomorphic Labs, дочерняя компания Alphabet и сестринская структура Google DeepMind, представила IsoDDE (Isomorphic Labs Drug Design Engine) — единый вычислительный движок для проектирования лекарственных молекул. На самом сложном бенчмарке структурного предсказания Runs N' Poses новая система показала точность 50% против 23,3% у AlphaFold 3 — то есть более чем двукратное превосходство над моделью, которая сама по себе была прорывом 2024 года.
IsoDDE — это не следующая версия AlphaFold, а принципиально другой по масштабу инструмент. AlphaFold 3 предсказывала трехмерные структуры белков и их взаимодействия с молекулами. IsoDDE умеет делать это точнее, но вдобавок решает еще две задачи, критически важные для реальной разработки лекарств. Во-первых, движок прогнозирует силу связывания молекулы с белком-мишенью — ключевой параметр для оценки эффективности будущего препарата. Во-вторых, система умеет находить скрытые "карманы" белков — участки, к которым потенциально может присоединиться лекарство, даже если раньше о них не было известно.
Показательный пример — белок церебролон. Пятнадцать лет считалось, что у него есть только один сайт связывания — классический талидомидный карман. Недавнее экспериментальное исследование обнаружило второй, скрытый сайт. IsoDDE смог воспроизвести это открытие вычислительно, используя на входе только аминокислотную последовательность — без указания, какие именно молекулы должны связаться с белком. На это у движка ушли секунды, тогда как экспериментальные методы вроде фрагментного скрининга требуют значительных затрат времени и ресурсов.
Помимо малых молекул, IsoDDE работает со сложными биологическими структурами. На тестах по предсказанию взаимодействий антитело-антиген движок обошёл AlphaFold 3 в 2,3 раза, а модель Boltz-2 — в 19,8 раза в режиме высокой точности. Это открывает возможности для компьютерного проектирования антител — задачи, которая до сих пор решалась преимущественно в лаборатории.
Фармацевтическая индустрия уже оценила потенциал технологии. Ранее Isomorphic Labs заключила партнёрства с Novartis и Eli Lilly на общую сумму около 3 млрд долларов, а в январе 2026 года подписала контракт с Johnson & Johnson — на этот раз с акцентом на крупные молекулы и биологические препараты. Компания, привлекшая $600 млн в первом внешнем раунде от Thrive Capital в 2025 году, планирует начать клинические испытания лекарств, созданных с помощью ИИ, до конца 2026 года.
P.S. Поддержать меня можно подпиской на канал "сбежавшая нейросеть", где я рассказываю про ИИ с творческой стороны.
