Что есть реальность, или эффективен ли SCRUM

Фундаментальная и неразрешимая проблема скрама, в том что реальная разработка не итеративна. На этом фоне описанные вами % не так уж и важны.

Почему секретарша является самым дорогим ресурсом в команде?

Это не вопрос подхода, это вопрос терминологии.

Исторически в самоорганизованной команде появляется её лидер, который не только пишет код, но и что-то организует и коммуницирует, его называли тимлидом раньше. Сейчас кого только так не называют, в том числе и линейных менеджеров.