Spring Boot. Фоновые задачи и не только

Зря вы так о данной аннотации, она ничем не плоха.
Можно добавить cron-pattern в application.properties, и инжектить в класс.
А обновлять собственно в рантайме можно при помощи spring-cloud-starter + actuator. Смотрите сюда
stackoverflow.com/questions/27919270/set-override-spring-spring-boot-properties-at-runtime