Свежее обновление Windows делает невозможным подключение через VPN (L2TP)

это запрещает использовать ipsec. т.е к vpn где IPsec обязателен - вы не подключитесь.

ну и соответственно шифрование туннеля у вас не работает.

Mikrotik Сloud DNS не работает

ну возможно твой оператор не любит часто обновлять DNS записи