А почему мы не пишем код в контроллерах?

я не против такого подхода где это уместно. Малые-Средние по размерам проекты. Я такое местами сам делал. .NET, .NET Core, WebAPI — 15 лет.

Создание Web API приложения с использованием .NET Core + MongoDB .NET Driver

Небольшое замечание: в реализации методов репозитория можно напрямую возвращать Task или Task без async/await. Если же async/await необходим, рекомендуется await SomeJob().ConfigureAwait(false); — просто хорошая практика, почитайте в гугл.

Guard классы — использовать или нет?

Использую самописный Guard в своих проектах. Guard делает код более декларативным, чистым и читаемым. Guard — однозначно один из моих самых любимых хелперов. Тем более с новыми фичами C#:

Guard.NotNull(arg, nameof(arg));
Guard.NotNullOrWhiteSpace(stringArg, nameof(stringArg));
Guard.NotEmptyList(list, nameof(list));