Программу можно защищать как полезную модель (систему) и как способ.

Лучше одновременно готовить отдельные заявки и на способ, и на полезную модель. Когда будут готовы — патентный поверенный подаст их одновременно в один и тот же день — тогда обе эти заявки не опорочат патентную новизну друг друга, но зато обеспечат защиту с разных сторон.