Гексагональная Архитектура и Spring Boot

Интерфейсы в пакете application.port обеспечивают ту самую слабую связность из статьи.
Это ширма между бизнесовым кодом и адаптерами, которые взаимодействуют с внешними системами.
Ещё, можно о port думать как о контракте внутренней логики:

То, что лежит в application.port.in описывает как внутреннюю логику можно вызывать.
А то, что лежит в application.port.out ожидает от реализации соответствующих адаптеров в adapter.out

С одной стороны позволяет подменить один адаптер другим.
Например, наше приложение использует кэш:
class MemcachedAdapter implements CacheGetPort, CachePutPort

В любой момент мы можем подменить этот класс другим главное чтобы он реализовывал интерфейсы CacheGetPort, CachePutPort

С другой стороны, для адаптеров позволяет отвязаться от конкретной реализации из application.domain.service. Не завязываться на внутренний класс. Ну и тестировать внутреннюю логику исходя из того что это "Чёрный ящик".