Самым большим плюсом, почему я вообще посмотрел в сторону именно EEL, я бы выделил то, что есть возможность легко разделить логику приложения от графической оболочки. То есть я пишу back на python, так как это мой основной язык, и мне не очень хочется лезть в JS, а другой человек делает всю верстку и логику графической части приложения. И задачи, которые решал python, можно было легко решить при помощи уже готовых библиотек, вместо того, чтобы переписывать эти библиотеки на другой язык.
А так да, конечно, можно использовать другие связки, которые вы описали выше, но они не всегда подходят для конкретных задач.
Это больше похоже на обычное десктопное приложение, где пользователь выполняет роль и клиента и сервера (но при этом полноценно используется html, css и js для графики, а не фреймворки). Но главный плюс такого подхода, что вы можете легко отделить графическую часть от логики приложения. То есть, вы можете написать приложением таким образом, как в статье, но при желании затем разъединить логику python кода от html, css, js, тогда у вас получится полноценное веб-приложение. И по итогу вам не надо будет мучаться, чтобы переписывать код клиента или сервера, так как можно будет заменить вызов функций, обернутых @eel.expose на вызов API.
И один важный совет: не бойтесь показать, что вы чего-то не знаете. Рассуждайте, пытайтесь прийти к какому-то выводу, делайте логические выводы из того, что знаете. Если вы чего-то не знаете, это будет сразу понятно, но если вы начнете рассуждать и говорить, то это даст вам большой плюс, чем просто сухой ответ «не знаю, давайте дальше» (конечно, не стоит зарывать себя, нужно просто размышлять).
А так да, конечно, можно использовать другие связки, которые вы описали выше, но они не всегда подходят для конкретных задач.