попробуйте DBWrench (по дефолту связи между сущностями, но можно переключить в свойствах схемы).
из плюсов:
на жабе, работает как в окнах, так и в никсах (%
импорт/экспорт из базы
«раскраска» таблиц
из минусов — на схеме из всего списка таблиц можно отобразить максимум 50
совместное использование с PHPDoctrine (о том, как при использовании доктрины создать аналог Zend_Auth_Adapter_DbTable, чтоб не создавать новый конект для Zend_Db_Table, а использовать конект и классы доктрины): http://www.framework.zend.com/wiki/display/ZFPROP/Zend_Auth_Adapter_Doctrine_Table
из плюсов:
на жабе, работает как в окнах, так и в никсах (%
импорт/экспорт из базы
«раскраска» таблиц
из минусов — на схеме из всего списка таблиц можно отобразить максимум 50