Что такое pytest и как его использовать? Или как новичку начать автоматизировать тестирование?

Pytest — это первое, с чем сталкивается любой тестировщик, который хочет начать автоматизировать и развиваться в этой области.

Очень спорное утверждение. Столкнулся с Pytest уже после автоматизации на Ruby, Java, C#. Правильнее было бы написать, что это было первое , с чем вы столкнулись.

Магия в том, что при таком запуске интерпретация кода меняется, и результат запуска тоже меняется. Тесты не найдены.

Очень плохая идея объяснять чего-то новичку с помощью магии. Тем более на таком неочевидном примере. Можно взять самый просто тест без кучи классов, свойств и сразу показать как его запустить. Начинать же пример с того, как тесты не запустятся - сомнительная идея.

Добавление init.py в каждую директорию плохая практика.

Теперь становится понятно, как можно тестировать объекты с разными параметрами на входе. 

Нет. Не становится.

В результате, всего за три запуска мы поняли, как сделать проверки на pytest, сохранить принципы ООП и всё структурировать. Класс!

Мы не поняли.