Опыт работы со взломанным сервером

Возможно конечно подменить… но помимо того что уже сказали что систему надо в идеале переставить, если это не возможно то надо сделать так:
1. Загрузиться с live-cd потом выполнить
rpm --root /mnt/hacked_system_root_directory -Va

2. Если видно что файлы(binary/lib) изменены, то переустановить пакет:
rpm --root /mnt/hacked_system_root_directory -qf /пусть_до_измененного_файла_вместе_с_именем_файла
rpm --root /mnt/hacked_system_root_directory -ivh --force имя-пакета.rpm

понятное дело что пакет должен быть той же версии что и установленный ну или более свежей, тут главное чтоб зависимости не ломали ничего.

Если много что надо так менять имеет смысл использовать yumdownloader + yum --installroot=/mnt/hacked_system_root_directory localinstall package1 package2…