MLOps — Cook book, chapter 1

MLFlow не завязан на конкретных фреймворках, просто для них реализована обертка над методами, которая позволяет сократить количество кода.

Если я правильно понимаю вопрос, то для запуска проектов можно использовать Docker окружение, для этого в файле MLProject вместо conda_env необходимо указать

docker_env:
  image: mlflow-docker-example-environment

где mlflow-docker-example-environment это название контейнера, который должен быть собран у вас на машине. Подробнее здесь https://mlflow.org/docs/latest/projects.html#specifying-an-environment.