Изучаем структуры MBR и GPT

Все намного проще — старенький BIOS просто грузит первый сектор, проверяет 55AA в конце сектора и запускает полученный код. Все. BIOS больше ничего про диск не знает.
Дальше уже код загрузчика должен разобатся во всех этих CHS/LBA/GPT и найти загрузочную партицию.
Итого — максимум совместимости, минимум наворотов.