В C++17 до сих пор нет нормальных многомерных массивов, которые были в Fortran начиная с Fortran 90

Ничто не мешает перекастовать указатель из маллока к указателю на VLA нужной формы. Массив будет получаться сплошным и любой размерности. Единственная проблема — вылет за границу, но если ты взялся за C, надо уметь это отлавливать.

int (*array)[N] = calloc(N*M, sizeof(int));
for(int i = 0; i < M; i++)
    for(int j = 0; j < N; j++)
         // Обработка A[i][j]