Декларативная схема и что с ней не так в Magento 2

— Отсутствие возможности добавлять атрибуты в продукт-категорию через декларативную схему

А что в более ранних версиях можно было?
Нельзя было создавать атрибуты в InstallSchema скриптах, нужно было в InstallData.
Выходит что патчи это прямой наследник InstallData. И декларативная схема как была тут ни при чём, так и осталась.

— Если модуль универсальный для версий 2.1, 2.2, 2.3 придется писать и декларативную схему и инсталл скрипты.

Нет, не нужно писать и то, и другое, достаточно написать проверки, к примеру проверка версии модуля.

Необходимость написания патчей для работы с core'вскими таблицами.

Это делать можно в своем модуле, для данных — патчи.