Как понять, что пора менять компанию, а не просто проект

Согласна. Выглядит так, что все должно крутиться вокруг работника, но это очень маловероятный сценарий. Тем более если ты начинающий специалист.

Проекты и как с ними бороться

Очень жизненно.

Но в целом проблема именно в процессе(ах).

Все можно было бы решить гораздо проще если бы действительно все просто делали свою работу и не ставили нереалистичные задачи.