Не знаю, как у кого принято, писать всё в одном проекте или кто-нибудь может знает что можно класть сторонние сборки в папку Assembly (как подключаются многие плагины), а кто-то может умеет даже и сам собирать свои библиотеки в папку Assembly, но информации о том кто как делает, и уж каких-то рекомендаций о том как настроить свой проект так, чтобы можно было программировать под Юнити так, как будто вы пишете серьёзное приложение, я не видел.