Nextcloud использует файловую систему ОС + метаинформацию в mysql (или другая СУБД). В случае распределенного хранения — minio. Последняя тоже опирается на родную ФС.
Проблемы Цеф, о чем Вы видимо говорите, связаны с перебалансировкой или переносом данных с ноды на ноду. Тут они отсутствуют в виду того, что нет возможности расширяться. Размер кластера определяется заранее, но не лимитирован.
Как GitLab помогает делать бэкапы больших хранилищ NextCloud