Раздача научного софта. Бесплатно


    Так уж получилось, что до того, как стать физиком, я хотел быть программистом. Не сложилось, но тяга писать программки не прошла. Как результат — за 15 лет работы в науке, было написано приличное количество разнообразного прикладного софта. Конечно, большая часть была совершенно одноразовой, и мотивацией для ее написания была фраза из мультика — «лучше день потерять, потом за пять минут долететь». Но некоторые вещи оказались долгоиграющими, пошли «в народ», кое-что даже продается. Для продажи этого «кое-чего» даже был создан сайт, ориентированный на «заграницу», но это было сделано больше ради эксперимента, а не с целью заработать какие-то реальные деньги, тем более что софт по большей части очень специфический, и спрос на него не велик. Но хватит о коммерции.

    Я бы хотел совершенно безвозмездно поделиться частью своих наработок (тем, что не очень стыдно показать) с хабрасообществом, в надежде, что они могут оказаться полезными для молодых (и не очень) ученых, аспирантов и студентов, и кто-то сможет использовать их в своей работе. Вашему вниманию предлагается следующее (в порядке возрастания специфичности):
    • SciRef — менеджер цитирований.
    • AFM Vision — удобная визуализация данных атомно-силовой микроскопии.
    • Raman 2D — построение карты распределения интенсивности Рамановского излучения.
    • X-Ray Calc — симуляция рентгеновской дифракции тонких пленок.

    Подробное описание возможностей, скриншоты (много) и ссылки — под катом.

    Менеджер цитирований SciRef


    Это, пожалуй, наименее специфический софт из упомянутого выше, который может использоваться не только физиками, но и специалистами из других областей (биология, химия и т.д.). Желание сделать свой велосипед появилось как результат неудовлетворенности имевшимися в то время бесплатными и не очень приложениями — Zotero, Mendeley, EndNote — десятки их. Но в одних случаях останавливала цена, в других — недостатки интерфейса, в третьих — недостаток или, наоборот, избыток функций. На тот момент у меня уже был трехлетний опыт разработки MyHomeLib, поэтому было решено написать такой менеджер, который бы максимально устраивал меня по идеологии и функционалу. При этом интенсивно использовались интерфейсные наработки из MyHomeLib, что существенно ускорило процесс. Вот что получилось в результате:


    Основные возможности:
    • Каталогизация ссылок (включая не только библиографическую информацию, но и файлы статей)
    • Поддержка самых ходовых форматов обмена библиографической информацией (RIS, ENW, NBIB)
    • Встроенный просмотр pdf и djvu
    • Интеграция с MS Word
    • Гибкая настройка стилей для списка цитат
    • Многоуровневая группировка статей
    • Локальный поиск по библиографическим данным
    • Возможность легко создавать бекапы данных

    Чтобы это не выглядело как проделки маркетологов, я просто опишу использование SciRef при подготовке статьи.
    Итак, пункт первый: формирование базы цитирований. Наиболее занудная часть, которая больше всего пугает новых пользователей подобного софта. Конечно, данные можно долго и нудно вводить руками, но к счастью, есть более простой метод. Сейчас у подавляющего большинства журналов можно скачать библиографическое описание статей в одном из упомянутых выше форматов. Поэтому алгоритм заполнения базы выглядит следующим образом: находим нужную статью на Google Scholar, переходим на сайт журнала, жмем «Download citation», открываем скачанный .ris файл в SciRef. Повторяем для всех нужных статей. На этом этапе имеет смысл создать в SciRef группу, и добавлять свежие ссылки туда. Это очень облегчает жизнь, когда количество статей в базе переваливает за сотню. Также на этом этапе можно добавить и текст статьи. SciRef умеет как «пристегивать» локальные файлы, так и скачивать их самостоятельно (в зависимости от издательства и наличия у вас доступа).

    Вкладка «Группы»:



    Пункт второй: Написание текста статьи и добавление в нее цитат. Тут все просто — пишем текст в MS Word, в нужный момент выделяем ссылку в SciRef, жмем кнопку «Добавить в MS Word». Ссылка вставляется как стандартный вордовский объект. Хинт: чтобы ссылка в документе выглядела красиво (это так: [1]), нужно в самом Word задать стиль ссылок IEEE 2006. Потом пишем дальше, вставляем ссылки и так до конца. При вставке нескольких ссылок подряд, они будут выглядеть так [1][2][3], пусть вас это не смущает, исправим это позже.
    Преимущество использования стандартных ссылок Word состоит в том, что он сам позаботится о правильном порядке нумерации. Т.е. если возникнет необходимость поменять местами пару абзацев текста, или добавить ссылку в начале — не нужно беспокоится о правильной нумерации, все перестроится автоматически.


    Пункт третий: Добавляем список цитирований в документ. Тут тоже все просто: переходим на последнюю страницу Word, потом возвращаемся в SciRef. Выбираем нужный стиль в зависимости от целевого журнала, и просто жмем «Insert bibliography». При необходимости, формат списка можно гибко настроить в менеджере стилей. Вот пример списка для Nano Letters:

    (1) Penkov O.V.; Pukha V.E.; Devizenko A.Y.; Kim H.J.; Kim D.E. Nano Lett. 2014, 14, 2536–2540.

    Ну и, наконец, Пункт третий: финальная обработка. Перед самой отправкой статьи в редакцию, нужно преобразовать вордовские объекты-ссылки в текст, заодно объединить последовательности [1][2][3] в более приятное редакторскому глазу [1–3]. Делается это одной командой — «Convert objects to text». Все готово.

    Это далеко не все возможности SciRef, но самые основные. Остальное я постарался подробно изложить во встроенной справке.

    Напоследок, важное замечание про «сколько это стоит». Программа распространяется как shareware с 60-дневным триалом. Но: SciRef совершенно бесплатна для пользователей ex-USSR. Если у вас в системе русская или украинская локаль- просто пользуйтесь и все. Если нет — напишите мне в ЛС, я пришлю ключик.
    Прямая ссылка. (8 mb)

    Теперь, коротко, об остальном.

    AFM Vision



    Небольшая утилитка для визуализации данных атомно-силовой микроскопии (AFM)/ Основная задача — подготовка 2D и 3D изображений, которые не стыдно вставить в статью. Заточена под форматы данных микроскопов Seiko (.iqt) и Park Systems (.txt). Но, помимо этого, поддерживает импорт из gray-scale bmp, что позволяет загрузить любые данные. В этом случае нужно будет только указать минимальный и максимальный уровень высоты.
    Основная вкладка:

    Можно поменять уровни, немного отфильтровать, посмотреть вертикальное и горизонтальное сечение (профиль) в любом месте. Профили можно сохранить в текстовом формате или скопировать в буфер.
    Вкладка 3D:

    Можно настроить палитру, масштаб, углы поворота (мышкой). Настройки можно сохранить в виде профиля для повторного использования.
    Примеры использования: раз и два.
    Прямая ссылка

    Raman 2D



    Недавно выяснилось, что крутейший Рамановский спектрометр (LabRam Aramis) умеет снимать карту распределения, но совершенно не умеет с ней работать! Т.е. оно просто сохраняет спектр для каждой точки в отдельный файл. И вместо картинки 15×15 мы получаем 225 текстовых файлов. Пришлось срочно изобретать еще один велосипед. Вот что получилось в итоге:

    Работает просто — указываем папку с нашими данными, задаем маску имени файлов, жмем «Start import», получаем карту. Можно выбрать тип данных — интенсивность линий (интегральную или пиковую), либо соотношение интенсивностей (полезно для графена), построить карту смещения линий. Диапазоны настраиваются, так что можно использовать и для других элементов помимо углерода. Пример использования.
    В архиве с программой есть две папки с примерами исходных данных, для «поиграться». Никакая активация и установка не нужны, просто распакуйте архив.
    Прямая ссылка

    X-Ray Calc



    Наиболее специфическая программа из представленных. И самая любимая, потому как разрабатывается уже 15 лет (с перерывами). Предназначена для моделирования малоугловой рентгеновской дифракции. Реализован метод рекуррентных соотношений (Barbee T.W. Opt. Eng. 1986, 25, 899–915). Простейшее применение — определение толщины однослойных пленок с помощью рентгеновской дифракции. Поддерживает модели любой сложности, как периодические, так и апериодические, и их комбинации. Все эти годы интенсивно используется в Лаборатории рентгеновской оптики Харьковского политеха.

    Позволяет одновременно отрисовывать неограниченное количество моделей и экспериментальных кривых. Основная фишка — удобный ручной подбор параметров теоретической модели под экспериментальные данные.

    Примеры использования: раз и два.
    Условия распространения — те же, что и у SciRef (т.е. бесплатно) + обязательная ссылка при публикации.
    Прямая ссылка

    Post Scriptum


    Надеюсь, что что-то из выше перечисленного окажется полезным и я не зря написал эту простыню. Ссылки на сам сайт не даю, дабы не было рекламой.
    Также просьба сообщать об опечатках в личку. Спасибо за внимание.
    Поделиться публикацией
    Комментарии 36
      +26
      <offtopic>
      Бывает и такое
      </offtopic>
        +2
        Вот чёрт! Пора пересмотреть.
        +5
        А не думали исходники опубликовать?
          0
          Думал, но пока еще не определился.
          +2
          Жаль, что только под винду.
          • НЛО прилетело и опубликовало эту надпись здесь
              0
              Delphi.
              Насчет портирования не уверен, как с этим дело нынче обстоит. Но, думаю, должно нормально работать под Wine. По-крайней мере, MyHomeLib работает.
                0
                Есть Lazarus, который говорят очень не плох и Delphi совместим
                  +1
                  Да, можно попробовать. Хотя предыдущий опыт с Лазаурусом, пару лет назад, был неудачным.
                +1
                Вот тут намного уместнее, на мой взгляд, если софт реально того стоит, как минимум попытаться запустить на wine
                  0
                  Проблема в том, что SciRef завязан под офис, а я им уже 5 лет не пользуюсь для набора текста. Да и в научной среде он не распространён, только в странах СНГ.
                    +2
                    И в Корее.
                      0
                      Ну в этом вопросе я полагаюсь на Вас :)
              0
              Я пользуюсь Zotero. Напишите, пожалуйста, чем он не удовлетворил и чем SciRef лучше?
                0
                Ой, с того момента уже два года прошло, так что я уже не помню подробностей. Кажется, смущало то, что в Zotero много завязано на их облако, а я предпочитаю полную автономность. Ну и фломастеры, на вкус и цвет, как известно, разные.
                Думаю, имеет смысл попробовать самому и решить — нравиться или нет.
                  0
                  На всякий случай, есть еще Mendeley
                    0
                    Zotero мне нравится больше. Хотя, сейчас тоже не помню чем :)
                      0
                      В Mendeley мне не нравится принцип организации интерфейса. К примеру, на 24" мониторе мне не нужна аннотация на пол-экрана, зато на это место замечательно вписывается просмотр pdf. И так во всем. Я не настаиваю, что что мой вариант интерфейса самый-самый, но он идеально подходит под мои требования.
                        –1
                        Я, простите, не знаю, как у Вас, у меня на 24 дюймовом мониторе отлично всё просматривается, все доп поля спокойно убираются/разворачиваются и так далее, хоть как просто pdf читалку используй.

                        Думаю, предложить профессору купить место на лабу за 10 баксов, хотя вся моя библиотека на 400 статей отлично уживается и на бесплатном месте, предоставленном by Mendeley.
                          0
                          Я никому свое мнение не навязываю (в отличие от). Нравится вам Менделей- ну и пользуйтесь на здоровье.
                            0
                            Да я, собственно, не собираюсь также никому ничего навязывать, просто не понимаю, в чём может быть проблема, так как они уже давно запилили передвижные поля для аннотаций и библиотеки — хошь шире, хошь уже…
                              0
                              Ваша проблема в том, что разводите банальный холивар на тему какие фломастеры вкуснее. Не знаю уж, по какой причине.
                              А нет у меня никаких проблем — у меня уже есть софт, который а) делает ровно то, что мне нужно и так, как мне нужно и б) в любой момент может быть допилен, если что-то потребуется. Вот не далее как вчера я добавил еще пару полей в БД SciRef, потратив на это целых два часа.
                    0
                    В X-Ray Calc есть возможность автоматической подгонки расчёта под эксперимент?
                      0
                      Пока нет. Я практически реализовал генетический алгоритм, думаю, в обозримом будущем доведу до ума.
                      +1
                      Программа для базы цитирований — хороша: не нужно лихорадочно по папкам искать нужную статью.
                        +5
                        Автору хвала. Сам для научников написал только одну программу (https://gitlab.com/h4tr3d/crowns), причём сейчас с большим смущением смотрю в её код. Но работу делает. Правда (что знаю) пользуется только в двух местах: БПИ ДВО РАН и в заповеднике Бастак (Биробиджан). Исходники выложил под GPLv2.

                        Вообще, наука, особенно не связанная с математикой, это непаханное поле для автоматизации. Вот где бы пришлись по месту силы разработчиков нового супер лайт браузера или очередного двухпанельного менеджера: и тяга к писательству и польза для общества, пусть и косвенная.
                          +1
                          SciRef интересен, но лично мне не хватает следующего:
                          1. нативной версии под Линукс, хотя, конечно, и с wine можно смириться
                          2. возможности извлечения информации о статье по doi и/или pmid — копипастнуть одну строчку проще, чем загружать/читать файлы
                          3. возможности извлечения информации из текста самой статьи, хотя бы просто по поиску в ней doi — можно было бы, как в Mendeley, вносить в базу статьи целыми директориями
                          4. интеграции с tex/bibtex — всё-таки это стандарт в той области науки, где я работаю

                          Возможно, что-то из этого присутствует, но просто не упомянуто в описании, тогда прошу прощения. Саму программу потестить не могу за отсутствием под рукой windows.
                            +1
                            Для удобной работы с библиографией под убунту использую kbibtex.
                              +1
                              WTF?

                                0
                                cloudflare.com потому что
                                забанено властями
                                  +1
                                  Ага, блокировка CloudFlare.
                                  Добавьте direct. в начале URL.
                                  +1
                                  IMHO, есть Mendeley для цитировния (люди на него пересаживаются даже после Papers в MacOS), Gwyddion для обработки AFM и, пожалуй, под 2D Раман тоже сгодится…
                                    0
                                    Про Gwyddion я в курсе. Оно хорош для сложных задач. А вот подготовить в нем 10 однотипных картинок для презентации — запаришься. Не понравилось, в общем.
                                    Помимо функционала как такового, для меня важно, что бы рутинные процедуры делались максимально быстро, поэтому весь мой софт заточен именно под это.
                                      –1
                                      Ну тут каждому своё, по мне так Gwyddion — супер программка, каких-то конкретных запарок с рутиной я в нём не жалечал, но это всё ИМХО…
                                        0
                                        Просто, у каждого свое представление о прекрасном.
                                      +1
                                      Про Mendeley ответил выше.
                                      Вообще, давно заметил, что когда прикладной софт пишут программисты, которые никогда им сами не пользуются — результат, в плане юзабилити, получается плачевный. И чем более специализированный софт — тем больше грабли.
                                      Вот пример: родной софт AFM Seiko. Да, он красиво рисует 3D. Который потом нигде нельзя использовать, ибо 1) картинка на черном фонe (попробуйте в журнал такую отправить, ага; 2) Невозможно просто размер шрифта для подписей поменять. В итоге приходилось долго и нудно это все в фотошопе перерисовывать.

                                    Только полноправные пользователи могут оставлять комментарии. Войдите, пожалуйста.

                                    Самое читаемое