Практическая биоинформатика

[stg34]

Эта тема крайне интересна, и на русском материалов я не особо видел. Был бы крайне рад продолжению.

[Portah]

Я только начал работать в сфере биоинформатики, пока пол года. Стараюсь собрать все мысли воедино и оформить в статьи. По молекулярной биологии брал классы, сейчас хожу на классы functional genomic. Часть вещей подчерпнул из статей. Есть огромное количество инетересных статей описывающие математические подходы для решения ряда задач связанных с анализом ридов после сиквенирования. Вот разрваюсь толи статьи осветить, толи дать примеры на С++ как с sam/bam файлами работать. Ибо в дальнейшем всеравно придется с данными работать.
Надо собраться и написать и те статьи и те.
Меня ещё гложет вопрос, хочется привлечь математиков и программистов к обсуждению. А тема подходящая биотехнологии. Не нашел на хабре Биоинформатика.

[stg34]

Пождите, с примерами С++. Не скажу за других, но мне бы для начала было интересно, да не только интересно, но и необходимо для понимания материала, узнать доступным языком такие вопросы:

— что есть ДНК?
— можно ли сказать, что ДНК несет бинарный код, подобно компьютерам? Пары нуклеотидов AT-CG подобны 0 и 1 у компьютера?
— что есть хромосома? Скрученная ДНК?
— Что есть ген? Фрагмент ДНК имеющий некую определенную смысловую нагрузку?

Ну в общем если напрячься я таких базовых вопросов могу еще поднасыпать. :)

[Tutufa]

больше красивых картинок!!!

[Constantine]

Такой вот был пост. Там ссылки на лекции (в т.ч. видео).

[Constantine]

habrahabr.ru/blogs/biotech/103229/

[yasha_somov]

Видео по теме
Обзорная лекция по биоинформатике. Павел Певззнер.

Директор Центра вычислительной масс-спектрометрии Национального института здоровья. Профессор факультета компьютерных наук и инженерии Университета Калифорнии (Сан-Диего). Победитель конкурса президентских мегагрантов в РФ (2010)

Прочитана для старшеклассников.
www.lektorium.tv/lecture/?id=13384

[gleb_kudr]

Имею практический вопрос

Есть ли какой-нибудь публичный API для доступа к геномным базам данных, того же пабмеда? Ваяю сейчас на .met одну геномную тулзу и прикидываю на будущее. Идеально конечно чтобы API было прям на готовые методы, типа BLAST.

[gleb_kudr]

.net :)

[Portah]

Я, к сожалению, пока к pubmed ничего не писал. Работаю в основном с UCSC genome browser. Про него знаю, но не много. Но про API ничего не слышал всеравно, просто SQL к BD.

[gleb_kudr]

Ну sql это тоже api в каком-то смысле :)

[Portah]

Согласен, но в моем случае, я локально установил базу. А под API наверное подразумевается, возможность обращаться к родным ресурсам.

[gleb_kudr]

>А под API наверное подразумевается, возможность обращаться к родным ресурсам.

Ага.

Хотя бы через SQL

[dunordavind]

Есть — www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query/static/esoap_help.html

[plan]

Спасибо, интересно очень. Давно хочу разобраться в этой теме, но как то тяжко построить в голове четкую картину. Нужно больше почитать и что-то попробовать. На topcoder сейчас много соревнований с призами на тему биоинформатики.